Para evitarnos dolores de cabeza recomiendo instalar, por un lado, todos los codecs necesarios y por otro el reproductor.
La mejor opción en codecs para mi gusto es K-Lite Mega Codec Pack que incluye la mayoría, aunque no recomiendo instalar los reproductores que incluye como Media Player Classic, entre otras cosas, porque no suele mostrar los subtítulos incrustados.
En cuanto al reproductor uno de los más completos y que mejores resultados está dando es GOM Media Player (permite su instalación sin codecs propios). Por supuesto, soporta los subtítulos incrustados.
